Böbrek dokusu dıştan dayanıklı bir zar olan böbrek  kapsülü ile sarılıdır. Ayrıca böbreklerin etrafı yağ dokusu ile sarılmış olup bu da böbrekleri travmalardan korur.

Her iki böbreğin üzerinde 'böbreküstü bezleri' mevcuttur. Sağ böbrek karaciğer ve oniki parmak bağırsağnın bir bölümü, sol böbrek ise pankreas, damarlar, mide ve dalakla komşudur.Böbreklerin her birinin bir atardamarı bir de toplardamarı mevcuttur.

Böbreğin uzunlama kesiti alındığında iki temel bölge dikkati çeker. Bu bölgeler dış kısım (korteks) ve iç kısım (medulla) olarak adlandırılır. Dış kısım daha koyu renkli olup burada glomerül denen  yuvarlak damarsal yapılar yerleşmiştir. Bu damarsal yumaklar Bowman kapsülü denen bir yapıya gömülüdür. Bu yapının devamı düz ve kıvrımlı tübüllerle devam eder. Bu şekilde glomerül ve tübüllerden oluşan yapıya 'nefron' denir. Nefronlar böbreklerin temel yapısal birimi olup, idrar yapmakla görevlidir. Her bir böbrekte ortalama 1 milyon adet bulunur. Pek çok nefron ortak açılma kanalları ile yapılan idrarı önce böbrek papillaları denilen yapıya aktarır. Daha sonra idrar renal kalikslerde toplanır. Bütün renal kaliksler biraraya gelerek pelvis renalis denen büyük idrar havuzunu oluşturur. Bundan sonra toplanan idrar 'üreter' denilen idrar borusu ile mesaneye ulaşır.